La gouvernance de la Fédération Cotentin Côte des Isles s’articule dans l’équilibre de représentativité des entités fondatrices. Les instances (assemblée générale, conseil d’administration et conseil exécutif) sont paritaires et leurs décisions prises à l’unanimité.
La Présidence est assumée successivement par un élu issu des chacune des entités fondatrices.
Un comité de direction rassemble les responsables des établissements autour de trois thématiques : la coordination, la qualité et la gestion.
La Fédération Cotentin Côte des Isles est membre associé du Groupement Hospitalier de Territoire gériatrique du Cotentin.